El Parque Eco-Arqueológico Copalita tiene sus antecedentes en el “Proyecto de Salvamento Arqueológico Bahías de Huatulco” realizado en 1985 que sólo se considera la primera etapa, en esta, las excavaciones del recorrido, constaron en la exploración de 5 sitios.

Antes del  proyecto de 1985, esta zona ya había sido explorada arqueológicamente, los trabajos con registro en el año de 1956 y 1966 estuvieron a cargo del antropólogo Donald Brockington, profesor de la Universidad del Norte de Carolina, que tiene como principal campo de estudio la arqueología de América Latina y América Central, por lo cual es considerado el pionero en la arqueología de la región, según lo registran los arqueólogos Enrique Fernández Dávila, director del Centro INAH Oaxaca, y Susana Gómez Serafín en su monografía: Arqueología de Huatulco, Oaxaca

Esta primera etapa del proyecto en 1985, fue financiada en su totalidad por  FONATUR  y por el INAH después de un convenio firmado por ambas instituciones afirman Fernández Dávila y Gómez Serafín, mismos que estuvieron a cargo de la exploración.

El INAH según su página oficial, fue creado por la Ley Orgánica en 1939  por mandato del Presidente Lázaro Cárdenas para investigar, conservar y difundir el patrimonio cultural de México. Por ello, “la Sección de Arqueología del Centro Regional de Oaxaca, perteneciente al instituto, llevó a cabo (en 1985) el “Proyecto de Salvamento Arqueológico Bahías de Huatulco” porque las obras de infraestructura turística que hasta la fecha se realizan en dicha localidad podrían poner en peligro de destrucción o alteración a algunos sitios”, aseguran Enrique Fernández y Susana Gómez al plantear los objetivos del proyecto en su monografía.

Bernardo Sada explicó, en la página web de Círculo Verde (de la Convención Verde de las Américas), el 3 de febrero de este año, que fue hasta inicios del Programa Renacimiento de Huatulco, en marzo de 2008, cuando FONATUR solicitó al Instituto Nacional de Antropología e Historia una valoración de la zona para determinar su importancia, y a partir de esa fecha se iniciaron de manera formal los trabajos de rescate del asentamiento.